Helgpyssel 2

Eftersom bloggens förra pussel var så populärt kommer här ett enklare dito.Den här gången får ni enbart en uppsättning ledtrådar att utgå ifrån.Dessa är : Amerikanskt universitet,Big data,cancer,Torres.

Hittar ni vad jag söker? På söndag em kommer jag publicera det rätta svaret om ingen knäckt gåtan.

Och som vanligt får den som löser detta en egen guldstjärna här på bloggen med sitt förnamn eller initialer om det föredras. Lars-Ingvar (förra pusslets vinnare) är än så länge ensam med egen guldstjärna.

Nu vill jag ha fler stjärnor (supergrävare) att lägga till. 😎

Eftersom detta pyssel har kortare tidsdräkt får ni 1 extra ledtråd.Det jag söker gick online för 4 dagar sen.

 

 

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Tillägg kl 20.20

Apropå stjärnor har vi en ny contender som verkligen fått fart på grävspaden.Idag har vår nye phi-grävare mejlat in ännu en intressant studie.Denna gång handlar det om det uschliga viruset Covid-19.Världens forskare börjar nu få grepp om detta virus.Forskare slår ihop sina kloka hjärnor och utgår från egen kunskap/forskning och försöker den vägen hitta svar och förhoppningsvis lösningar på denna farsot.

Ett initiativ som är mycket lovvärt då virusets framfart är så aggresivt och kunskap om dess mekanismer har varit få.När forskare lägger sin vanliga forskning på väntläge (eller parallellkör) och fokuserar på viruset förstår man att detta är ingen vanlig sjukdom.Även undertecknad har börjat inse hur allvarligt viruset och dess följder är.

På en skala 0-100 sätter jag Covid-19 som 80 beträffande dess påverkan och följder för människor och samhällen/länder.Vi behöver snabbt få detta virus under kontroll innan det muterar hejdlöst och orsakar värre förödelse än det redan gjort.Alla som har möjlighet ska vaccineras så fort det går är min bestämda uppfattning.Nog om min personliga syn.

Nedanstående studie handlar alltså om familjen SARS-Corona där det senaste utbrottet Covid-19 står i fokus.Forskarna,17 st, har utgått från tidigare utbrott som SARS-Cov och MERS-Cov,bägge farliga,men inte i närheten av Covid-19.Koppling till PHI/HoloMonitor finns.Först via forskare och hemvist där HoloMonitor används.Se ex Mr " We have found the holy Grail" Derek J. Richard och andra forskare från Australien + GlycoImagingforskaren Richard Karlsson (acknowledgements GlycoImaging H2020-MSCA-ITN-721297).

Lägg till forskningen i GlycoImaging som även den bidragit till studiens uppkomst och definitivt dess resultat.

Men till studien då :

Evidence of a Putative Glycosaminoglycan Binding Site on the Glycosylated SARS-CoV-2 Spike Protein N-terminal domain

Available online 4 May 2021

Abstract

SARS-CoV-2 has rapidly spread throughout the world’s population since its initial discovery in 2019. The virus infects cells via a glycosylated spike protein located on its surface. The protein primarily binds to the angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2) receptor, using glycosaminoglycans (GAGs) as co-receptors. Here, we performed bioinformatics and molecular dynamics simulations of the spike protein to investigate the existence of additional GAG binding sites on the receptor-binding domain (RBD), separate from previously reported heparin-binding sites. A putative GAG binding site in the N-terminal domain (NTD) of the protein was identified, encompassing residues 245-246. We hypothesized that GAGs of a sufficient length might bridge the gap between this site and the PRRARS furin cleavage site, including the mutation S247R. Docking studies using GlycoTorch Vina and subsequent MD simulations of the spike trimer in the presence of dodecasaccharides of the GAGs heparin and heparan sulfate supported this possibility. The heparan sulfate chain bridged the gap, binding the furin cleavage site and S247R. In contrast, the heparin chain bound the furin cleavage site and surrounding glycosylation structures, but not S247R. These findings identify a site in the spike protein that favors heparan sulfate binding that may be particularly pertinent for a better understanding of the recent UK and South African strains. This will also assist in future targeted therapy programs that could include repurposing clinical heparan sulfate mimetics.

1. Introduction

The rapid spread of SARS coronavirus 2 (SARS-CoV-2) since its appearance in late 2019 has elicited a swift response from the scientific community to develop treatments and vaccines against this virus. Effective and efficient drug discovery requires understanding the molecular events of the virus infection pathway and knowledge of the effects of the virus on host immunity. SARS-CoV-2 is an enveloped positive-sense RNA virus, one of several coronaviruses (Coronaviridae) that cause respiratory infections in humans. Before the emergence of SARS-CoV-2, there were two highly pathogenic coronaviruses, SARS-CoV and MERS-CoV, which caused severe respiratory disease in humans, and four other human coronaviruses (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1) which induced mild upper respiratory disease. SARS-CoV-2 is closely related to SARS-CoV and MERS-CoV, and, like these two viruses, it can cause very severe disease in some patients. Although the mutation rate of SARS-CoV-2 is considered moderate compared with other RNA viruses, numerous variants have been recorded; some of these have mutations in the spike (S) glycoprotein of the virus outer surface, the glycoprotein that is involved in virus infection of cells. The role of the SARS-CoV-2 S glycoprotein in virus infection makes it a key target for the development of antiviral drugs and vaccines. Accordingly, understanding how particular mutations in this glycoprotein may impact virus infection is a key part of the drug discovery process.

The SARS-CoV-2 S glycoprotein forms homotrimers on the virus surface where it is involved in the multistep receptor-mediated pathway of virus-host cell adhesion and virus-host cell membrane fusion, which culminates in cell infection. The S glycoproteins of other Coronaviridae family members also perform this role, but not all coronaviruses that are human pathogens recognize the same cell surface receptor. The cell surface receptor for SARS-CoV-2 is the human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). Each S glycoprotein monomer consists of two main functional domains – S1 (residues 14-685) and S2 (residues 686-1273). It is well established that the S1 subunit mediates virus attachment to epithelial and other cell surfaces by binding to its receptor ACE2, while the S2 subunit mediates the fusion of the viral and human cell membranes. Within S1, a region spanning residues 333–527 constitutes the receptor-binding domain (RBD),. Cryo-EM studies revealed that the S glycoprotein trimer exists in several different conformational states.

Det forskarna har upptäckt är att virusets celler täcks av ett ämne som består av glycaner och proteiner.

Tänk här GlycoImagings "kärna".Forskarnas ganska revolutionerande studier där man kopplat samman cancercellers yta (innehållande glycans) och målsökande MIP,sar.Från Glycoforskarnas studier har dessa 17 forskare fått värdefull information om glycaner på en cells yta och därefter jobbat vidare med att förstå hur virusets mekanismer fungerar.Det de kommit fram till är kunskap om hur Covid-19 muterar.1 pusselbit av flera,men tillsammans med annan forskning kan denna studie bidra till att få stopp på kommande muteringar av viruset.

Just detta att Covid-19 så "lätt" kan mutera är det läkare och forskare fruktar mest.De vacciner vi idag fått fram kan bli verkningslösa om viruset tillåts härja (bland de som inte tagit vaccin) och skapa nya versioner.

Värre versioner via mutationer.Risken är då att vaccintillverkarna inte hinner ikapp och det blir en ändlös kamp mycket svår att bemästra.Tänk här proceduren med omvaccinationer + de som fortfarande vägrar att vaccineras.De sistnämnda är alltså för makthavare att fundera över hur få kontroll över.

Dessa är de facto en tickande bomb som förr eller senare måste tas in i ekvationen.

En mycket grannlaga uppgift jag inte avundas makthavare och lagstiftare.

 

Men för att återgå till aktuell studie. Ni är medvetna om att PHI har ett ben till (förutom GlycoImaging) som kommer vara användbar till mer omfattande Coronaforskning?  Jag tänker då på benet 3D-plattformen.Länk.

Som ursprungligen var tänkt att användas inom cancerforskning,men har visat sig ha utökade användningsområden. 

"Vår" forskare Anette Gjörloff-Wingren avslöjade för 6 månader sen att hon och kollegor kommer använda den plattformen för just Coronaforskning. 

Månne GlycoImaging + 3D-plattformen kommer ha större värden än vi tidigare spekulerat kring?

Cellodling även i andra projekt

2020-11-06

I höst börjar ett projekt där flera forskargrupper samarbetar för att studera det nya coronavirusets infektionsväg på odlade luftvägsceller i en 3D-modell. Då kommer den nya kunskapen om 3D-odling väl till användning.

Anette Gjörloff Wingren. Foto: Håkan Röjder

– Genom att ta reda på hur coronavirusets bindande proteiner interagerar med och binder sig till luftvägscellernas receptorer kan vi också undersöka olika sätt att förhindra infektion, till exempel med antikroppar, säger Anette Gjörloff Wingren, professor i biomedicinsk laboratorievetenskap vid Malmö universitet.

I forskarvärlden finns redan viss kunskap om hur man tror att coronaviruset kommer att mutera. I framtiden finns det planer på att odla virusproteiner enligt denna nya kunskap och förutse hur ett muterat coronavirus binder sig till cellerna. På så sätt hoppas forskarna kunna ligga steget före och utveckla skydd för kommande infektioner. "

Min kommentar

Helgpysslet ser ut att vara en svårare nöt att knäcka för våra vanliga phi-grävare.Eller så kan det vara att man har annat för sig än att greppa en spade denna helg 😎

Nåväl,bloggen har fått in ett förslag.Avsändaren är densamma som ligger bakom inskicket av ovanstående studie. Contender Oscar ska ha cred för upptäckt av denna viktiga Coronaforskning.

I morgon kommer ni få ta del av annan viktig info som mer konkret korrelerar med PHI´s affärsverksamhet (enligt min bedömning). Stay tuned.

                                                           Mvh the99