Norge berättar

Med anledning av den forskningsrapport bloggen berättade om för 1 vecka sen.Den som Tobias Beigl och Henriette Aksnes (mfl) fått publicerat om blodcancer berättar nu de andra forskarna, Ine Kjosås och Emilie Seljeseth, om hur studien bedrevs och hur de kom fram till resultaten.Ett beundransvärt grepp från Bergens Universitet att lyfta fram även de mindre kända forskare som medverkat i komplexa studier,som i detta fallet om blodcancer (leukemi).Naturligtvis vill bloggen medverka till att uppmärksamma kommande forskarnamn som har ambition att lösa problematik kring ex de som drabbats av just denna riktigt eländiga cancerform.

Fra prosjektoppgave i MOL231 til publikasjon

Ine og Emilie skulle ha en liten prosjektoppgave i molekylærbiologi. De endte opp med å utvikle en metode for å kvalitetssikre en cellemodell som brukes av tusenvis av forskere verden over.

Gjennom kurset Prosjektoppgave i molekylærbiologi (MOL231) var vi heldige å få være med på prosessen med å finjustere og dokumentere en metode for å kvalitetssikre den populære, CRISPR/Cas9-vennlige cellelinjen HAP1. Sammen med  våre veiledere Henriette Aksnes og Tobias B. Beigl, har vi nylig publisert en artikkel hvor vi demonstrerer hvordan den ustabile ploiditeten til HAP1 påvirker flere av cellens egenskaper. Vi presenterer en effektiv løsning på problemet, og hvordan man slik unngår at forskjell i ploiditet blir en forstyrrende variabel i eksperimenter.

HAP1 celler kan endre ploiditet  

I motsetning til diploide celler, som har kromosompar bestående av en kopi fra hver forelder, har haploide celler, slik som HAP1, kun en enkelt kopi.  Dette er en fordel når man skal bruke CRISPR/Cas9 til å produsere genetiske mutanter fordi CRISPR/Cas9 maskineriet da bare trenger å redigere ett allel. Da veilederen vår Henriette Aksnes begynte å jobbe med forskjellige HAP1 knockouts la hun merke til at den haploide tilstanden til HAP1 var ustabil, og at cellene spontant ble diploide over tid. Videre undersøkelser, med blant annet HoloMonitor M4 mikroskop, viste at det fantes flere grunnleggende forskjeller mellom haploide og diploide HAP1 celler. For eksempel forskjeller i cellestørrelse, cellebevegelse og konfluens (Figur 1).

Dette gjorde at vi, sammen med veiledere Henriette og Tobias, startet å arbeide med å utvikle en protokoll for å kultivere og kontrollere HAP1 celler frem til de nådde den diploide tilstanden. Vi bestemte ploiditet ved hjelp av flow cytometri. Senere i prosjektet demonstrerte vi også at diploide celler effektivt kan sorteres ut fra kulturer av lav passasje, slik at man kan spare både tid og penger på cellekulturarbeid.

 Naturligvis väljer även dessa forskare att lyfta fram det excellenta instrumentet HoloMonitor i denna text.