Lite gräv

Undertecknad var lite rastlös och satte spaden i myllan "just in case",kan ju ha inkommit nåt spännande.

Sååå,vad hittade jag då? Jo 1 trolig nyförsäljning och 1 tidigare icke upptäckt doktorsavhandling innehållande användande av HoloMonitor.

Nyförsäljningen är jag 99% säker på stämmer.Det handlar om det lilla och spännande comingföretaget Cline från Mölndal. I deras nyhetsbrev från Dec berättar de att i det nu aktuella cancerprojektet CellRACE har de kommit så långt att de börjat använda sig av "avancerad holografisk mikroskopi" och AI samt maskininlärning.Tyvärr skriver de inte ut att det är PHI`s HoloMonitor de använder så jag lämnar 1% till den osäkerheten. Klicka på länken nedan för att läsa nyhetsbrevet i sin helhet.

CLINE

Nyhetsbrev december 2021 – Holografiska data används för att utforska cancermetastaser (Cision)

2021-12-16 13:00

När 2021 går mot sitt slut vill Cline ge er en inblick i vad som händer inom det cancerdiagnostiska projektet, CellRACE. Detta nyhetsbrev kommer att ge uppdateringar om Clines spännande arbete för att använda AI-baserad analysteknik i utvecklingen av CellRACE.

Utnyttjar holografiska data för att adressera den största dödsorsaken vid cancersjukdom

CellRACE-projektet använder Clines unika nanoteknologi för att mäta migrationsbeteendet hos tumörceller. CellRACE utvecklas som en in vitro diagnostisk (IVD) produkt för att kvantifiera den metastatiska potentialen hos tumörceller. Ett sådant test är tänkt att upptäcka spridningsrisk mycket tidigare än existerande metoder och ge onkologer en än mer korrekt diagnos, vilket möjliggör tidigare och därmed bättre patientvård och behandling.

I kärnan av produkten utsätts cancerceller för yt-bundna biomolekyler på en unik nanogradient som framkallar ett naturligt migrationssvar från celler med metastaserande potential. Cellernas rörelser och beteende mäts och analyseras. Efter att Cline uppnått lovande resultat från tidigare experiment har ett nytt delprojekt nyligen initierats för att utveckla en AI-baserad dataanalys för CellRACE, vilket kommer att möjliggöra snabba, automatiserade och robusta resultat.

Cline använder avancerad holografisk mikroskopi för att övervaka levande cancerceller. Denna teknik innebär att hundratals celler kan spåras och studeras på ett icke-störande sätt i realtid, med många olika cellparametrar som mäts och jämförs. Resultatet är en enorm mängd data som samlas in om var och en av cellerna som testas. För att spåra tydliga beteendemönster i den stora datamängden kombinerar Cline bildanalys, cellspårning och AI-tekniker som maskininlärning och jämför dessa data. Därmed bildas en tydlig bild av cellens metastatiska potential.

Vad är artificiell intelligens och maskininlärning?

Artificiell intelligens (AI) avser datavetenskapliga tekniker som imiterar uppgifter och problemlösning som vanligtvis kräver mänsklig intelligens. Många applikationer finns inom vision, lärande och beslutsfattande. Nya AI-framsteg involverar en undergrupp av tekniker som kallas Machine Learning (ML), där algoritmer och modeller kan lära av data och förbättra sig själv. Efter att ha tränats upp med specifika data kan algoritmerna sedan hitta och förutsäga mönster.

Sådana tekniker har utvecklats för att utföra olika uppgifter inom många discipliner och branscher. Inom vård-, medicin- och läkemedelsindustrin finns det en rad användningsområden för AI för att förstå sjukdomar, upptäcka nya läkemedel samt hjälpa till med diagnos och behandlingsbeslut. Många nystartade företag, sjukhus, universitet och stora aktörer som IBM, Apple och Google använder AI-tekniker för att lösa sjukvårdens utmaningar.

Med tanke på förmågan som finns hos AI och ML i att tolka stora mängder data, hitta mönster och göra förutsägelser är det ett naturligt val att använda i ett projekt som CellRACE. Detta kommer att innebära en unik diagnostisk fördel och stärka projektet ytterligare. "

Doktorsavhandlingen är från okt 2020 och utförd av Umeå Universitetbaserade fd doktoranden Samuel Kvarnbrink.

Ämnet är lungcancer och proteinet LRIG`s inverkan att hålla tillbaka cancerns utveckling.

En nog så viktig upptäckt inte ens PHI hade en susning om existerade.Kolla deras sida Publications / Doctoral Theses för verifikation.

 

LRIG1 in lung cancer: prognostic effects and mechanistic studies

 

Abstract

Lungcancer är den vanligaste enskilda orsaken till cancerrelaterad död såväl i Sverige som världen. Icke småcellig lungcancer är den dominerande formen, som indelas ytterligare i adenokarcinom och skivepitelcancer. En fjärdedel av patienterna med icke småcellig lungcancer som har lokalt växande små tumörer kan botas med enbart kirurgi ibland med tillägg av adjuvant cytostatikabehandling. Denna behandling har biverkningar och ökar chansen till bot med högst 5%. Fler biomarkörer behövs därför för att styra det kliniska beslutsfattandet vid de tidiga sjukdomsstadierna av icke småcellig lungcancer.

Proteinfamiljen LRIG består av tre liknande transmembranproteiner som samtliga är involverade i regleringen av tillväxtfaktorsignalering. LRIG1 är det mest studerade proteinet av dessa och interagerar med ett stort antal tillväxtfaktorreceptorer och andra relaterade proteiner. Höga nivåer av LRIG1 har kopplats till bättre överlevnad vid ett stort antal cancersjukdomar, inklusive bland annat bröstcancer, urinblåsecancer, livmoderhalscancer, melanom och primära hjärntumörer. Målet med detta forskningsprojekt var att utröna om detta gäller även för icke småcellig lungcancer, och att ytterligare karakterisera de biologiska funktionerna hos LRIG-proteiner vid denna sjukdom. "

För att komma åt hela studien måste man gå till denna PDF. Där hittas doktorandens användande av HoloMonitor för att nå de resultat studien visar.

Materials and methods

 

Live-cell imaging assays 

A HoloMonitor M4 holographic microscope (Phase Holographic, Lund, Sweden) installed into a standard cell culture incubator was used to acquire live cell imaging data on cell motility and proliferation rate. Cells were seeded sparsely onto standard 6 well plates or 24-well Lumox plates (Sarstedt). 3 or 0.6 ml of culture medium, respectively, was added to each well, and the wells were then covered with clear plastic polymethyl methacrylate lids (HoloLids, Phase Holographic). Plates were placed in the HoloMonitor microscope and, using HoloMonitor software, eight or sixteen 0.52 × 0.52 mm imaging regions were determined for each well. All regions were continuously imaged at 8-minute time intervals for 48 or 72 hours. The built-in proliferation and population-based motility analysis modules in the HoloMonitor software were used to determine the average doubling times and migration speeds, in hours and μm/ hour for each cell line. 

Conclusions

High levels of LRIG1 in tumor tissue was associated with a large and significant survival benefit of 33.2 months, compared to negative cases, in a cohort of surgically treated early-stage NSCLC patients. 

Significant survival benefits were observed for patients with lung adenocarcinoma and clinical stages Ib, IIa and IIb. 

Based on our findings, LRIG1 is a candidate positive prognostic marker for surgically treated early-stage NSCLC. 

The paralogous proteins LMO7 and LIMCH1 physically interacted with a conserved part of the cytosolic domains of LRIG1 and LRIG3. The protein-protein interaction had clinical implications, since the survival benefit conferred by LRIG1 expression was only observed for LMO7-negative cases. 

LRIG1 significantly reduced the clonogenicity of NSCLC cell lines, which may translate into reduced metastatic potential in vivo. No consistent effects of LRIG1 overexpression were observed on cell migration in vitro and the proliferation rates of most cell lines were also unaffected. 

Because most of the available NSCLC cell lines are established from advanced disease, it may be necessary to develop other model systems in order to study mechanisms in early-stage disease.

 

Min kommentar

Sedär vad en kvällslig promenad ut på webben med en grävspade kan resultera i.

Att intressanta cancerforskningsföretaget Cline  efter ha kommit så långt i sitt forskningsprojekt behöver använda sig av ny teknik känns ganska naturligt.Att det handlar om HoloMonitor är jag som sagt ganska säker på,men en verifikation hade naturligtvis varit bra.Kanske vi får det i den kommande rapporten?

Att jag snubblade över doktorsavhandlingen var ren tur. Man kan undra hur många "okända" avhandlingar och studier det finns "därute".Hursom,nu kan PHI lägga denna doktorsavhandling till de 19 man visar på sin hemsida.

                                   Mvh the99

 

Som service till alla ev HoloMonitornyfikna forskare : PHIAB Webshop